在世代交换之时，据说会有一个造成世间动乱的“霸者之首”。这个东西从秦代以来流传下来，并且让想要争夺霸权的人们不停争斗著。

时间来到了动乱的幕末。位于正在吹起异国风潮的横滨之地，出现一个剑士。他的名字叫作秋月耀次郎。手上握有灵剑“月泪刀”，也是以封印霸者之首为使命而被叫作“永远的刺客”的人。过去他曾担任坂本龙马的保镳，但对于未能拯救他而感到深深懊悔的秋月，为了治愈心伤而一个人寻找在幕末苏醒的“霸者之首”。

他在一场争斗中因为救了一对孩子，而和以“报仇”为目的而到处旅行的剧团一座相遇。一座的仇敌－中居屋重兵卫正握有“霸者之首”。于是为了找到首级的耀次郎和剧团们因此卷入了阴谋的漩涡之中。