天箕博士与他的研究队在一次进行着原子碰撞的实验时，突然从实验装置射出两道光，并被攻击中了来参观天箕博士的女儿Kurau(12岁)，女孩的身体被分解，但很快地在光芒中重新回复人形。
　　但是，眼前的女孩回过头来对天箕博士说的第一句话却是：“我是……rynax。”
　　——10年后，kurau作为“代理人”过着独居的生活。
　　而22岁的那天，随着rynax的光从kurau体内溢出，被kurau称为“对”的女孩出现了。
　　rynax给女孩起名为クリスマス（Christmas），两人相互陪伴下开始了看似平静的生活。
　　但有组织对RYNAX的奇异能力发生兴趣，虎视眈眈想得到她。
　　所谓的“RYNAX”，拥有“分解”与“重组”的能力，会将遇到的物质转化为原子，一旦溢出，对整个世界将造成不可估量的影响，政府决定将这种物质抹杀的时候，kurau和クリスマス将成为首要目标。
　　然而，故事才刚刚开始。