「数码怪兽（Digital Monster）」通称「数码兽（Digimon）」系列以1997年发售的液晶玩具「数码怪兽」为原案，1999年开始放映电视动画《数码兽大冒险》，并一直持续发展并深受各年龄层的喜爱。继承其系谱的故事便是「数码兽系谱 应用怪兽」。
如今世界上很多人在使用智能手机应用（smartphone application），在这些应用中，潜藏着人工智能（AI）组成的生命体「应用怪兽（applimonster）」通称「应用兽（appmon）」，「有多少个应用就有多少个应用兽」。
本作围绕着与最近成为热门话题的「人工智能」的战斗展开，应用兽们将大展身手。