东京的爱丽丝学园（全称：国立爱丽丝研究机关学园本部）是一所特别的学校，只招收具有特殊能力「爱丽丝」的人，一旦入学就要等到毕业才可以离开学校。
　　
　青梅竹马、犹如姐妹般的玩伴今井萤招呼也不打一声就从乡间小学转入城里的学校，佐仓蜜柑无论如何都无法接受这个事实，于是离家出走，只身来到萤所在的爱丽丝学园，但却发现自己根本无法进入学园。在围墙外徘徊的她险些被人贩子拐走，所幸被学园的鸣海老师搭救并发现蜜柑可能具有爱丽丝能力，于是「顺理成章」地入驻爱丽丝学园。
　　崭新的学园生活对蜜柑而言是喜忧参半。喜的是终于和小萤团聚，忧的则是跟问题学生日向枣分在同一班级兼同桌还是拍档，更令蜜柑跌破眼镜的是她满心欢喜入驻的学园竟然是学生们公认的囚笼，而日向枣更是厌恶学园派的典型。
　　即来之则安之，即便遭到同学们的排挤，即便被评定为无星级，即便不清楚自己的爱丽丝是什么，即便见不到相依为命的爷爷，不服输的蜜柑仍然没有放弃。
　　原本只是追逐萤的步伐而来到爱丽丝学园的蜜柑，也最终在这里收获了欢乐、勇气、信任以及友情……