所谓SEED，全写为Superior Evolutionary Element Destined-factor，即“高度进化要素遗传因子”。

C.E.70年，由于“血腥情人节”惨剧的发生，地球方面与P.L.A.N.T.爆发了持续近一年的战争。主角基拉·大和所在的殖民卫星“赫立奥波利斯”（Heliopolis）突遭儿时好友亚斯兰·萨拉（Athrun Zala）所属的Z.A.F.T.特殊部队进攻，二位男主角的重遇成为故事的开端。

P.L.A.N.T.在“血腥情人节”后发动的独立战争，其战略为先将“中子干扰器”散布在地底下，引发地球上的能源危机，再以新型兵器MS逐步攻下在赤道附近的质量投射器，以将地球联合军封锁在地球内，再也无法威胁P.L.A.N.T.。由于此情况貌似神话中自食其尾的大蛇，故命名为Operation Ouroboros作战。战争爆发初期，无人怀疑过联合军将以压倒性的兵力和资源迅速结束战争，然而战争胶着了十一个月，战况却是对联合军愈来愈不利；其主要原因之一就是联合军拿Z.A.F.T.的新型兵器MS一点办法也没有。

战争后期，Operation Ouroboros作战的最后目标原为地球联合军所剩唯一的质量投射器所在地巴拿马宇宙港，但由于P.L.A.N.T.最高评议会议长由主和的希捷尔·克莱因改为主战的帕特里克·萨拉，故目标被改为联合军位于阿拉斯加的总部JOSH-A。虽然最后成功攻陷JOSH-A，但Z.A.F.T.却也中了埋伏失去过半兵力。后来Z.A.F.T.以少数兵力强行攻陷巴拿马，但最终仍被已建立了MS部队的联合军夺回质量投射器重上宇宙。

回到宇宙的联合军以核武攻陷P.L.A.N.T.的前线要塞波亚兹，即将直取P.L.A.N.T.首都。而Z.A.F.T.亦在最后的宙域“亚金‧杜威”投入剩余兵力展开防卫战，这场最终决战的结果是......