在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女鸣护艾丽莎相遇了。
茵蒂克丝与艾丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉率领着秩序维护部队开始了行动。
上条与茵蒂克丝还有艾丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。”
在科学与魔术魔法交汇之时，以“恩底弥翁”为舞台的故事开始了！