宇宙戦艦ヤマトのイスカンダルへの航海が終わってから3年が経過した西暦2202年。かつての青い姿を取り戻した地球は、ガミラス帝国と和平条約を締結し、復興を進めていた。しかし、地球連邦政府は「波動砲艦隊構想」に基づいて建造された新鋭艦アンドロメダを筆頭に軍拡へと進みつつあり、そのありようにヤマトの元乗組員たちは疑念を抱いていく。その1人である古代進は、ガトランティス艦隊との戦闘を展開する地球・ガミラス混成艦隊に身を投じていた。