“伽玛（Gamma）星云第58号行星·宇宙侵略军特殊先锋部队队长”Keroro军曹，为了要进行征服蓝星（K隆星（ケロン星）人对地球的称呼）前的准备工作，而潜入日向家。但却轻易的被冬树和夏美掳获，侵略用武器Kero球也落入冬树手中。其后，侵略总部以将有被发现的危险性为由，紧急撤离地球，留下了在蓝星的先锋部队。于是，Keroro军曹开始了隶属于日向家的生活。随后军曹的部下们—“双重人格”Tamama二等兵、“燃烧斗士”Giroro伍长、“电波系”Kururu曹长、“暗杀兵”Dororo兵长和“恐怖大王”安哥尔·摩亚也相继登场。
　　其后，长达近6年的侵略展开，厉害的侵略计划不断出现，但中途又一度失去了侵略的热情和干劲。不过，对Keroro军曹来说，居住在地球的生活还是多姿多采的。最少，他可以跟强军Garuru小队交手多次，为突如其来的26周侵略期限奋斗，不断回顾小时候的趣味，与谜一般的仇敌Syurara军团对抗，经历战国星球的武者大战……这一切，都是他每日生活的动力……