2024年，发生了MM制造公司"濑良野基因混合社"的社长绑架案。在收取赎金现场出现的凶犯，居然让自己脸部在所有监视纪录上留下了贴着笑面标志的影像后成功脱逃。案发后六年，"笑面男"的巧妙陷阱再度出现在网络社会中...
封印已久的笑面男苏醒了，特A级黑客与九课的巅峰对决即将拉开帷幕！

2005年には「笑い男事件」を描いたエピソードを160分にまとめた『攻殻機動隊STAND ALONE COMPLEX The Laughing Man』が製作され、DVDでリリースされた。本作と続編である『S.A.C. 2nd GIG』のDVD/ビデオ累計出荷本数は、合わせて150万枚/本に及ぶ