故事的主角里见孝太郎，在高中入学前因为父亲调职而开始一个人生活。孝太郎租下了房租每月五千日币，免押金、礼金，价格特别便宜的屋龄25年公寓，可乐娜庄的106号房，决定住进这间只有三坪（六榻榻米）大的房间开始新生活。但106号房却是间因为闹鬼，从来没人能久租的房间。

开学典礼当晚，谣传中的幽灵――东本愿早苗出现在孝太郎面前。早苗主张是她先开始住在106号房，在双亲回来之前必须一直等在这里，而想把孝太郎赶出房间。两人争了一个晚上没有结果而暂时休战，没想到隔天自称魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再过一天又出现号称古代文明末裔的地底人少女――仓野奇莉华，接着是外星人――神圣佛德赛银河皇国第七王女提亚蜜思林·葛雷·佛德赛，每个人都各怀鬼胎，想将106号房占为己有，让房间陷入一片混乱……