舞-乙HiME的舞台是以前地球人類移民的行星エアル，以及當時發生的兩大戰爭（十二王戰爭與龍王戰爭）。

某夜，溫德布盧姆王國（風花王國）的風華宮被入侵，國王與王妃被殺害，服侍國王的乙HiME也失蹤了。

14年後，以徒步穿越沙漠的少女愛莉卡・夢宮（亞里香），為了找尋從出生就馬上分離母親而到了風花王國，並帶著母親的信物「蒼天之青玉」來到了世界唯一培養乙HiME的學校加爾迪羅貝學園。

入境後，愛莉卡偶然遇見了加爾德羅貝學園的預科生尼娜・王和風花王國的公主真白・布蘭・杜・溫德布盧姆，3人突然遭遇到黑團所操控的奴獸攻擊，愛莉卡身上的「蒼天之青玉」化解了危機。

愛莉卡想盡辦法入學，終於成為加爾迪羅貝學園的預科生，但過的生活非常苦，有一名匿名的援助著解決了愛莉卡學費的問題，在那之後她不小心與真白闖入了風華宮的地底，發現了古代的超級兵器「古風琴」，緊接著又被黑團的奴獸襲擊，所以真白不得不用「蒼天之青玉」與愛莉卡定下契約，後來以蒼天之青玉的力量打敗了奴獸。

後來愛莉卡潛入真祖所在的靈廟，知道了被藏在華麗的乙HiME歷史背面的黑暗，「作為戰爭兵器分成敵我被迫作戰了的「乙HiME」的話擾亂了，更發現被尼娜的養父謝爾蓋・王吸引的心情，而愛莉卡也開始猶豫了，另一方面真白遇到了日邦國年輕的君主鴇羽巧海頭忠賴，被指出自己沒做到的事，一時放棄了作為女王的責任和義務，但因為想起與愛莉卡的約定，看是愛莉卡先成為最優秀的舞星，還是自己先成為讓大家幸福的女王。

然而阿爾塔公國與黑團進行著計畫，先讓羅繆勒斯和萊姆斯雙方掀起舞星之間的戰鬥，之後又在新風華宮落成儀式時將風華宮動了手腳，畢業紀念舞鬥進行時，黑團的總攻擊開始進行，結果風花王國和加爾迪羅貝學園都落到炎風・戴・阿爾塔（凪・戴・阿爾泰）的手中，並將靜留・維奧拉俘虜，夏樹・庫魯格(奈月・庫魯格)不得已才逃出風花王國，逃跑的愛莉卡被她的好朋友埃爾斯特‧霍所持有的奴獸擋下，那時愛莉卡才知道原來那位匿名援助她的人是謝爾蓋，尼娜的嫉妒之火頓時爆發，和失蹤已久的貴石「漆黑之金剛石」有了反應，和炎颯定下了契約，尼娜攻擊愛莉卡的時候，被埃爾斯特擋下攻擊，但埃爾斯特卻和她的奴獸一起消失了，愛莉卡無法容許殺了埃爾斯特的尼娜，結果互相憎恨……