After War（A.W.）15年，舞台在人类和地球受到毁灭性破坏的大战──第7次宇宙战争后荒废的地球。

由于战争成为孤儿的主角卡洛特以回收和夺取MS为生计。一天受到委托，内容是希望夺回被绑架到菲利丁战舰上的少女蒂法。对蒂法一见钟情的卡洛特，因为蒂法见到委托人时的胆怯模样而带着她一起逃走。

在蒂法的引导下，卡洛特找到了传说的MS“高达 X”。2人历经几番曲折，和菲利丁战舰舰长贾米尔一起踏上旅程寻找被称为“Newtype”的人们。