十数年前，巨大的魔兽・九尾被戴着面具的神秘男忍者解放了。九尾袭击了木叶忍者村，为了守护面临毁灭的村庄，第四代火影牺牲了自己的性命，并把九尾封印在刚出生的儿子漩涡鸣人身上。
时光流逝，恐怖的忍者集团・晓的成员突然袭击了木叶忍者村。鸣人等人在任务中击退了晓的成员而受到村里的人赞许，也获得了可以提交上忍申请书的机会。鸣人看到其他人都有父母可以帮忙写申请书而感到落寞和焦躁，就在此时，斑突然出现在他眼前，并用无限月读的实验性忍术把他送往了另一个世界。在那个犹如镜中世界般的地方，鸣人实现了这十六年来从来没有与家人一同生活的梦想，他明知道要尽早离开这个诡异的地方，却放不下他好不容易才拥有的亲情。
而另一方面，斑正等待着机会准备重现十六年前那场惊天动地、夺走鸣人父母性命的捕获九尾之战。那段感伤又痛苦的回忆即将在大银幕重现，而出现在月读幻术世界中的谜样人物——假面之男的真实身份也即将曝光……。