オリジナルのＴＶシリーズ全50話に新作カットを追加し、新解釈でブラッシュアップした劇場版シリーズ第２弾。いよいよ新型モビルスーツ“Ｚガンダム”が登場し、地球と宇宙を跨いだ戦乱の局面へ突入。カミーユとフォウの運命的な出会いを中心に、第三勢力も交えた壮絶な戦いが繰り広げられていく。
　宇宙世紀0087年、カミーユが参加した反地球連邦組織エゥーゴと連邦軍のエリート組織ティターンズの内戦は相譲らず、激化の一途を辿っていた。そんな中、地球に残っていたカミーユは神秘的な女性フォウ・ムラサメと出会う。彼女に運命的なものを感じたカミーユ。しかし、実はフォウはティターンズの強化人間だったため、２人は哀しき宿命へいざなわれていく。やがて宇宙に戻ったカミーユは新型モビルスーツＺガンダムに搭乗し、混沌の戦場へ。また一方では、新たな勢力である旧ジオン軍の残党アクシズが台頭していた…。