故事发生在未来时代，由于宇宙战乱不断，大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人是专门对付外星人的特殊警察，他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。
K和J是MIB的成员，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动。然而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖份子正秘密的行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃，K和J必须在地球被外星人渣毁灭前找到这批恐怖份子。K和J这对黑白搭档就到处对付奇形怪状的外星人，结果却笑料百出，他们到底能不能完成任务呢……
这是根据1997年票房破亿的科幻强片《黑衣人》改编的动画系列剧集。那部电影改编自威尔.坎宁汉的同名漫画，原版漫画其实不是特别有名的，不过在鬼才导演巴里·索楠菲尔德和监制斯蒂文·斯皮尔勃格的改装后，再加上威尔·史密斯和汤米·李·琼斯的精彩配合。本片给观众带来了极强的娱乐效果。