TVアニメ版『下級生』はUHFアニメとして、1999年7月1日から9月23日まで全13話を放送（日付はサンテレビの場合で、放送局により異なる）。OVA版の続編ではない。シナリオをリセットして3年生の4月から物語を再び始めることで、OVA版で十分に描き切れなかったヒロインとの関係を描いた。また、主人公のキャラクターはOVA版の主人公と重ならないように変更されている。主人公の山口剛とヒロインの南里愛と飯島美雪の関係を描く他、持田真歩子、加納涼子、神山みこ、新藤麗子達とのエピソードも交えて話が展開する。ちなみに、TVアニメ版では主人公よりも年下の南里愛、飯島美雪、持田真歩子の登場回数が多く、その点では真の「下級生」となっていた。

TV放送のためにOVA版よりも露出は控えめだったが、セルDVD/VHS版では本放送時にはなかったサービスカットが追加されている。その他、本放送時とセルDVD/VHS版との違いとしては、EDテーマを歌うあっぷ^2が出演する「下級生エンドコーナー」（メインスタッフへのインタビューや製作現場の映像も放送されていたが、セルDVD/VHS版には未収録）、あっぷ^2の実写映像が流れていたED（セルDVD/VHS版ではアニメに差し替え・DMM.com等のバンダイチャンネルの配信ではあっぷ^2の実写映像が採用された。）などがある。