未来的にデザインされた街・舞浜市に住み、近郊の高校に通う普通の学生、キョウ。たった1人で水泳部を切り盛りする彼は、中学の時の因縁から難癖をつけてくる宿敵らとのいざこざも意に介さず、水泳部への勧誘を行う傍ら練習に励むため学校の室内プールへと向かう毎日。

ある日、幼なじみのリョーコに頼まれ、映画研究部作品の撮影中、やる気の無いキョウはNGを出し撮影は中断。ふと、窓の外を見ると、プールの飛び込み台の最上段に1人の見知らぬ美少女・シズノが立っていた。

水泳部入部希望者と察したキョウは、慌ててプールへと急ぐが、シズノは声にならない謎の言葉を残し、華麗な飛び込みを見せ、そのまま水中に忽然と姿を消す。シズノの事が忘れられないキョウだったが、程無くして彼女はキョウの自室に忽然と現れた。

シズノはキョウに「ゲーム」の始まりを宣言した。キョウは彼女に導かれるままに異空間へ転送され、美しい光の装甲をまとった巨大ロボットゼーガペイン・アルティールに乗り込み、敵キャラクターをシズノと共に倒していく。だがしばらくして、キョウは様々な疑問に対峙していく事になる…。

繰り返されるデジャビュの感覚、自分しか知らない筈の事をいつの間にか知っているリョーコ達学友。キョウが真実に近づくのをどこか警戒している生徒会長=司令官シマ。ゼーガペインでの戦いを「ゲーム」と称した事で怒りを露にするルーシェン達パイロット。そして、初めて搭乗したゼーガペインの操縦桿を違和感なく繰る自分自身。

果たして、キョウが繰り広げるこの戦いは、本当にバーチャルなのだろうか?

様々な痛みと想いが交錯しながら、世界は徐々に真実の姿を曝け出し、遂に残酷な真実をキョウは目の当たりにする。

仮想世界と思っていた世界に広がる荒廃した舞浜…そこには破壊された学校やリョーコとの思い出の場所もあった。シズノは言った。ここが、現実の舞浜だと…。

そして、ゲームの敵と思っていた機動兵器の中には、アビス…深淵の名で呼ばれる亜人類の姿があった。

残酷すぎる事実と真実を知り始めた時、キョウの本当の戦いが始まる…!!