天人与联合国军的最终决战后过了四年。建立地球联邦政府的人类，为了追求更进一步的国家间之统合，以及人类意识的统一，在联合正规军之外，设立了独立治安维持部队“A-Laws”，目的为对所有危害联合的势力与主义、思想等进行非人道的压迫，例如反联合的国家、Katharon以及再次出现的天人。

为了遵守与路易丝·哈勒维的约定，朝着成为宇宙技术员之路前进的沙慈·克罗斯洛德，也身不由己的被联合政府的变革所卷入。

另一方面，在4年前的最终决战中存活下来的刹那·F·清英，默默注视著因为受天人影响而变革的世界所产生的变化。打倒监视者亚历杭德罗·科纳后，他梦想着能有一个不再有纷争的和平世界。可是，他所看到的却是一个由“A-Laws”所制造的扭曲的和平，依然持续著歪斜的现实。于是他决定与能够改变世界的力量－“高达”再次一同战斗。

再次开始变化的世界中，刹那与沙慈的未来将朝向何方？