在莉莉安女子学园，有一个传统，被称为该sœur系统（sœur在法文中解作“姊妹”），其中二或三年级的学生会给予一个低年级生一串念珠，而低年级生就会成为她的妹妹，身为姊姊的高年级生须承诺会照顾妹妹，并教导他们。

当故事开始时，福泽祐巳像其他学生一样在学校入口附近的圣母玛利亚雕像祈祷之后，遇到二年级生小笠原祥子，祥子只是轻轻走近帮祐巳整理丝带。这看似简单的行为，被祐巳的朋友茑子拍下，茑子为了可以在学园祭上登出这张照片，在那天放学后强行拉祐巳到蔷薇之馆。不过祐巳在蔷薇之馆的会议室门口被正要冲出来的祥子撞个正著，祥子见到祐巳，就要求她当自己的妹妹。原来祥子被要求在学园祭上的话剧当女主角，但由于祥子十分讨厌男生，所以不愿参与演出，祥子的姊姊说：“没有妹妹的人没资格发表意见。”祥子巧遇祐巳，正好有了妹妹的理想人选。祐巳一开始认为自己没有资格担入祥子的妹妹，可是经历了几件事之后，二人终于打破障碍，成为姊妹。

后来祐巳就在山百合会帮忙，协助蔷薇大人们处理学生会的事宜，并和岛津由乃和藤堂志摩子成为好友。透过情人节和毕业典礼等活动，在圣母玛利亚的面前，大家成为好友。玛利亚的凝望的故事，就是围绕着山百合会的女孩们的小故事。