《来自深渊 深沉灵魂的黎明》是电视动画《来自深渊》播出后推出的第一部续篇动画电影，亦为该系列的第三部动画电影。该片改编自土笔章人创作的漫画作品《来自深渊》，电影剧情为全新原创故事。 这个各角落都被探索殆尽的世界，只剩唯一仅存的秘境——大洞穴“阿比斯”。在这个会延伸到哪里不得而知，且深不见底的巨大纵向洞穴中，除了栖息着各种奇奇怪怪的生物之外，还藏有现今人类制作不出来的珍贵遗物。 “阿比斯”处处不可思议的景象，让人们为之着迷，并前仆后继地前去冒险。于是，数度挑战这巨洞的冒险家们，后来便被称为“探窟家”。住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有一天要成为像母亲那样的伟大探窟家，力图解开阿比斯的谜团。 有一天，莉可母亲的白笛被人发现，让她毅然决定要潜入阿比斯深处。而莉可收留的失忆机器人·雷古为了找回自己的记忆，也决心和她同行。莉可在深界四层遭受穿弹兽的毒素折磨，而救了她的人就是“生骸”娜娜奇。娜娜奇加入后，他们继续往波多尔多所在的深界五层冒险。在那里，遇到一个自称是普鲁修卡的女孩。