高校生亜人・永井圭。下校時、交通事故に遭い、亜人であることが発覚。以降、警察、及び、亜人管理委員会から追われる身となる。
圭が逃走中に接触を図ったのが、亜人テロリスト・佐藤だった。佐藤は圭を教育するため、彼を亜人管理委員会に引き渡す。が、試みは失敗。佐藤は圭と袂を分かち、独自に集めた亜人協力者と共に、グラント製薬爆破という大規模テロを引き起こす。
そして、現在。
亜人テロリスト・佐藤と亜人管理委員会との戦いは、新たな局面を迎える。
「第2ウェーブのテーマは、『浄化』だ」
佐藤による第2の犯行予告。それは、亜人関連要人15名の連続暗殺計画だった。
亜人対日本国政府、佐藤対永井圭の、国の存亡を賭けた最後の戦いが、幕を開ける……！