死神界でリュークがある死神に月のことを語る場面が追加。
伊出が登場しない。
夜神総一郎に心臓発作が起きる場面が削除されるに伴い、彼が第二のキラ事件時にテレビを見ている場所も病院の病室から街頭に変更。
月とLの初対面の場所が映写室に変更。
第二のキラに対するキラの返事をLが考えたことになっている。
松田がヨツバグループ会議室に間違って入ってしまった際のミサのいる場所が、仕事場から捜査本部の部屋に変更。
レムが消滅する場面において、レムのノートが残される描写と月がそれを拾う描写が削除され、三冊目のノートエピソードが全て省略されている『リライト2』に連結する仕様となっている。
Lの墓前にて、日本捜査本部の構成員達による誓いの場面が追加。
一部のヨツバ幹部における死因が、心臓麻痺一律から個別の死因へと変更。
三堂は建造物から転落死。
紙村は駅の線路に佇み、電車に轢かれて自殺。
奈南川は交通事故死。