在火影忍者正式故事展开的12年前，一只被称为九尾 妖狐的妖怪袭击木叶忍者村，传说它一挥动尾巴就会山崩海啸。当时的第四代火影“木叶黄色闪光”波风皆人牺牲自己的性命，把九尾封印在刚出生的孩子 漩涡鸣人身上。
    “第四代火影”被村里的人认为是英雄，但他更希望村里的人同样地将鸣人当作英雄看待。但村民认为鸣人就是妖狐的化身，而不是作为封印妖狐的幕后功臣，因此为鸣人自小就被人歧视。
    重新复出的“第三代火影”已经禁止村民和后代提到这次的九尾突袭事件，但是仍不能阻止人们排挤鸣人。就连他们不知情的后代，在父母的感染下，亦疏远鸣人。因此，鸣人从小倍受孤立。为了引起其他人注意经常恶作剧。但这种状况在他成功的通过“忍者学校”的毕业考试后逐渐改变，并以成为“火影”为目标努力。
    火影忍者故事既包含严肃和娱乐的情节，整个故事以鸣人及其朋友的成长为核心，并描绘他们在人生经历当中的相互感情。鸣人与两位好友 宇智波佐助和春野樱，和他们的导师“复制忍者”旗木卡卡西组成第七组执行各种任务。